Převažujícím typem je vegetace lesní, která se do své dnešní podoby zformovala během dlouhodobého vývoje v poledové době. Pro horskou část Šumavy jsou dnes charakteristické porosty květnatých bučin, horských acidofilních bučin a klimaxových smrčin, jejichž rozložení víceméně odpovídá výškovým vegetačním stupňům. Přirozený charakter těchto zonálních společenstev byl však do značné míry pozměněn dlouhodobým lesnickým hospodařením a výšková stupňovitost je dnes na mnoha místech setřena například výsadbou smrkových monokultur nebo odlesněním krajiny. Lesní vegetace tak v současné době představuje širokou mozaiku od silně pozměněných, nepůvodních společenstev až po přírodě blízké zbytky lesních porostů, které zůstaly zachovány na více lokalitách Šumavy (Boubín, Smrčina, Stožec apod.)
Tříjezerní slať
Obecně je pro flóru území Šumavy typické výrazné zastoupení lesních druhů
typických pro výškové vegetační stupně Šumavy, nižší druhová bohatost
v závislosti na horninovém krystalickém podloží (žuly, ruly) a nedostatku vápníku, obohacení šumavské flóry o alpské druhy (např. hořec šumavský) díky migračním vlnám z dob poledových, zastoupení i druhů pro Šumavu endemických a glaciálně reliktních, významné zastoupení různých typů azonální vegetace (rašeliniště, slatě s "bažinnou klečí", suťové svahy, kamenná moře s reliktními bory, stěny jezerních karů) a společenstva historicky vzniklého bezlesí. Společenstva historicky vzniklého bezlesí vznikla zemědělským extenzivním obhospodařováním odlesněných ploch. Zahrnují celou škálu významných společenstev, zejména antropogenně podmíněná společenstva lučního bezlesí (vlhké, podmáčené a rašelinné louky, vodou neovlivněné květnaté louky a pastviny, vysychavá travinná společenstva, vrchovištní a kamenitá lada aj.).
Hořec panonský
Tato luční a pastvinná společenstva zůstala zachována jen na části své původní plochy, zejména ve výše položených a donedávna omezeně přístupných územích, kde z části podléhají přirozené sukcesi. Zde je dosud koncentrován výskyt většiny chráněných a ohrožených druhů šumavské květeny. Převážná část dřívějších luk a pastvin byla v souvislosti s poválečným vývojem oblasti ponechána přirozenému vývoji, část ploch byla pomístně zemědělsky obhospodařována. V důsledku přirozené sukcese na ladem ležících pozemcích dochází dnes k degradaci lučních fytocenóz, zániku botanicky významných lokalit a celkovému ochuzení druhové pestrosti. Naproti tomu se na některých místech objevuje jedinečná mozaika společenstev v různých stádiích sukcese, cenných zejména z ornitologického hlediska, ale i jako modelové plochy pro výzkum. Vojenskou činností podmíněné biotopy obnažených a zraňovaných půd jsou osidlovány konkurenčně méně zdatnými ohroženými druhy. Na silně zamokřených stanovištích lze pozorovat regeneraci lučních rašelinišť. Floristické bohatství Šumavy nespočívá ve vysoké početnosti a rozmanitosti druhů, celá oblast je však pozoruhodná rozmanitostí kombinace různorodých prvků a dochováním unikátních společenstev, zejména na extrémních stanovištích (rašeliniště, jezerní kary).
