Pásmo Krušných hor přísluší do oblasti středoevropské květeny, která je charakteristická poměrně vlhkým a chladným podnebím a na prvohorních vyvřelinách vzniklých chudých půd. Typickým porostem jižních svahů Krušných hor jsou smíšené a listnaté lesy, zvláště pak bukové.
Vzácný náprstník červený
Na nejteplejších jižních svazích lze nalézt zbytky doubrav, tvořených především dubem, jeřábem břekem, jeřábem mukem a lípou. Podrost je tvořen mnoha druhy rostlin, ze kterých je třeba jmenovat především lýkovec jedovatý, okrotice mečolistá a velké množství jiných rostlin, z nichž je velká část chráněných rostlinných druhů. Charakteristickou oblasti tohoto rázu je okolí Žeberku v lokalitě Jezeří.
Vyšší polohy Krušných hor jsou tvořeny bučinami. Tyto původní lesy byly díky těžbě částečně nahrazeny smrkovými a na náhorních rovinách změněny na pastviny. Typiskými zástupci spodního patra bukového lesa jsou rostliny jako pračivec velkokvětý, kokořík vonný, metlice křivolaká, třtina rákosovitá, věsenka nachová a další. Pokud jsou půdy kyselejší, vyskytuje se hojně metlice křivolaká, bika bělavá nebo borůvka. Původní porost bučin lze spatřit například v Domaslavickém údolí.
V údolích drobných vodních toků na náplavových půdách spodních částí toků, se v Krušných horách vytvořila společenstva lužných lesů - olšiny a jaseniny, které jsou tvořeny především olší, jasanem, javorem a jilmem. Ve spodních patrech lužných lesů rostou vodomilné rostliny jako například pcháč bahenní, pcháč bylinný, přeslička bahenní, devětsil bílý, krabilice chlupatá a jiné. Vzácně se vyskytuje i česnek medvědí.
Chráněný jeřábník oranžový
Na některých místech Krušných hor se bez ohledu na nadmořskou výšku vyskytují suťové lesy. Výskyt těchto porostů je ovlivněn sklonem svahu, jenž musí být velký, a složením podloží, většinou balvanité suťovité haldy. Jsou tvořeny Klenem, jilmem, lípou a jasanem. Pro střední patro jsou zde typické kěře jako líska, bez, zimolez nabo meruzalka. Ve spodní části lesa roste měsíčnice vytrvalá, bažanka vytrvalá, samorostlík klasnatý nebo kopytník evropský.
Typické pro oblast Krušných hor jsou luční společenstva a pastviny. Roste na nich velké množství zástupců trav, například psárka luční, srha laločnatá, třeslice prostřední nebo bika ve vrcholových polohách. Z ostatních rostlin jmenujme rdeso hadí kořen, prha arnika, penízek alpský, hořec ladní, vstavače a další. Mezi vzácně se vyskytující zástupce lučního společenstva patří koprník štětinolistý, který se tak hojně vyskytuje v ČR pouze zde (vzácně i v Jizerských horách a Krkonoších). Množství původních luk bylo v souvislosti se zemědělským využitím změněno na pastviny.
Rašeliniště Boží Dar
Ve vrcholových polohách Krušných hor jsou typická společenstva rašelinných smrčin a samotných rašelinišť. Rašeliniště začala vznikat v postglaciánu, většinou v místech vyvěrání pramenů, z nichž vznikala jezírka a močály postupně zarůstající slatinnou flórou. Poté následoval růs rašeliníků, rostlin typických rychlým růstem při současném odumírání spodní části ve vodě za nepřítomnosti vzduchu. V další fázy vzniku rašelinišť nastupují keříčky (vřes, šícha černá, borůvka,..), později se objevuje kleč, typický znak ukončení tvorby rašeliny. Mocnost vrstvy rašeliny se pohybuje od několika centimetrů až po několik metrů. Rašeliniště jsou především vrchovištního typu, zarůstající křovinnou formou kleče blatka nebo vzácná bříza zakrslá. Porost tvoří řada druhů rašeliníků, ostřic, suchopýr pochvatý, vlochyně rosnatka okrouhlolistá a množství dalších, například vzácný rojovník bahenní. Rašelinné smrčiny se vyskytují po okrajích vršovišť a kromě smrku v nich roste i bříza pýřitá a jako podrost třtina chloupkatá, šícha černá nebo vrbovka úzkolistá. Rašeliniště tvoří nejlépe zachovalý biotyp, zvláště díky své dostupnosti z hlediska dopravy.
Nejvýznamnější rašeliniště jsou většinou i chráněnými oblastmi a patří k nim především Božidarské rašeliniště, Malé Jeřábí jezero u Perninku, Novodomské rašeliniště a řada dalších oblastí.
