Nejvýraznějšími krajinnými prvky Českého ráje jsou skalní města s jehličnatými a smíšenými lesy s převahou borovice a smrku.
Kuna skalní
Nejrozsáhlejšími jsou Příhrazské a Prachovské skály a Hruboskalsko. A právě nesmírná rozmanitost v počtu skalních forem, jejich tvaru a velikosti, umístění a vzájemné poloze je rozhodujícím faktorem pro život živočichů. Nejvýznamnější roli hrají dutiny, které živočichům poskytují širokou nabídku pro dočasný i trvalý úkryt a péči o potomstvo. Skalní města obohacuje kavka obecná, která je velmi blízko vyhynutí. Dále zde najdeme např. krkavce velkého, kunu skalní, svižníky.
V jeskyních i sklepích zdejších hradů, zámků i obytných budov žije velký křižák temnostní. Tento druh byl v Čechách poprvé nalezen právě na Hrubé Skále. Z hmyzu je tu dále lumek veliký, mravkolev běžný atd.
Křižák temnostní
V českém ráji hnízdí na sto dvacet druhů ptáků, ale od podzimu do jara tudy protahuje či tady zimuje další sto druhů
např. morčák velký, brskolav severní, pěnkava jikavec.
K nejvzácnějším ptačím hostům Českého ráje patří jespák malý. Typickým obyvatelem rybníků vedle kachny divoké, která zde hnízdí stále řidčeji, je polák chocholačka. Jedním z největších ptáků regionu je výr velký, který má ve skalních městech optimální životní podmínky. Dále zde žije celoevropsky nejmenší pták králíček obecný.
Přástevník medvědí
Rybníky jsou i v Českém ráji již po staletí neodmyslitelnou součástí krajiny.
Mělké části rybníka přechází v příbřežní porost a dále někdy v louky. V porostech vyšších rostlin žije celá řada bezobratlých živočichů jako červi, měkkýši, hmyz.
V rybnících žije škeble rybničná, největší mlž nejen v tomto kraji, ale i v celé České republice. Dále ohrožený rak říční a čolek horský. Z ryb např. lipan podhorní, pstruh potoční. V rašeliništích jsou nejvíce zastoupeny skupiny prvoků, korýšů a pavouků.
Zdejší listnaté nebo smíšené lesy obývá také muflon, který byli vysazen v České republice již v 19. století jako lovné zvíře.
